Okolice Ujścia zamieszkane były już kilka tysięcy lat temu. Świadczą o tym zarówno prowadzone tu kilkakrotnie badania archeologiczne, jak i zdjęcia satelitarne wykonane w latach 90.

Dawne bogactwo okolicznej przyrody i wspaniałe położenie zostało na trwałe zapisane w symbole miasta: nazwę i herb.

Nazwa Ujście wywodzi się z połączenia rzek: to tu Gwda wpada do Noteci.

W herbie miasta natomiast uwieczniono czerwoną głowę jelenia na tle srebrnej (białej) tarczy.

Historia Ujścia nierozerwalnie łączy się z historią Polski. Pierwsze wzmianki o Ujściu znajdują się w najstarszej polskiej kronice Galla Anonima, żyjącego na przełomie XI-XII w. Możliwa do odtworzenia historia miasta zaczyna się od czasów króla Bolesława Chrobrego, który uczynił z istniejącego już grodu twierdzę na granicy z wrogiem plemionami Pomorza. Wokół Ujścia zaczęły wtedy powstawać wsie służebne.

Ciężkie walki o Ujście toczył z Pomorzanami Bolesław Krzywousty. W 1108 r. książę pomorski Gniewomir, lennik polski, napadł na Ujście i po krwawych walkach zdobył twierdzę. Jednak jeszcze w tym samym roku król Bolesław odbił ją, a uciekający ze swym wojskiem Gniewomir zginął w bitwie pod Wieleniem. W następnych latach Bolesław Krzywousty podejmował z Ujścia liczne wyprawy przeciw pogańskim ludom Pomorza, by nawrócić je na chrześcijaństwo. Takie też było zadanie, skierowanego przez króla na Pomorze, biskupa Ottona z Brambergu, którego wyprawa wiodła z Gniezna przez Ujście. Podobizna Ottona z Brambergu, dzisiejszego świętego, została uwieczniona w lewym witrażu prezbiterium ujskiego kościoła parafialnego.

Po śmierci Krzywoustego w 1138 r. zmalało znaczenie ujskiego grodu. Zaczął się okres dzielnicowego rozbicia Polski spowodowany testamentem króla. Był to czas nieustannych walk o ziemię i władzę między książętami dzielnicowymi. W 1223 r. Ujście zostało zdobyte przez księcia Władysława Odonica i aż do jego śmierci w 1289 r. stało się stolicą księstwa, w granicach którego leżało początkowo nawet Gniezno. Właśnie do Gniezna, przez Ujście podążało wówczas wielu pielgrzymów do grobu św. Wojciecha.

Od 1225 r. przez ponad sto lat Ujście było również kasztelanią. Kasztelan urzędował na odbudowanym ujskim zamku, który stał na dzisiejszym Starym Rynku (wówczas: Górze Zamkowej). Jan Długosz, pod datą 1249, wspomina ów zamek. Został on rozbudowany przez Kazimierza Wielkiego, jednak na skutek późniejszych wojen i pożarów - podupadł i został rozebrany przez Prusaków w roku 1773. Pierwszym znanym kasztelanem ujskim był Olbracht, który objął swój urząd ok. 1227 r. W drugiej połowie XIV wieku Ujście stało się przejściowo własnością niemieckiej rodziny Wedlów. Fryderyk von Wedel używał w 1376 r. tytułu pan na Ujściu. Poza tym krótkim okresem Ujście, wraz z okolicznymi wsiami i folwarkami, zawsze było własnością królewską. Do starostwa ujskiego należały w XV w. wsie: Chrustowe, Nowa Wieś, Smiłowo, Zelgniewo i Rataje.

W XVI w. starostwo objął w dzierżawę ród Górków. Ukoronowaniem dużego znaczenia Ujścia było nadanie mu 24 czerwca 1413 r. przez króla Władysława Jagiełłę praw magdeburskich. Prawa miejskie potwierdzane były w następnych wiekach: w 1576 r. przez króla Stefana Batorego, a w 1650 r. przez króla Jana Kazimierza.

W 1655 r. zwołano do Ujścia pospolite ruszenie szlachty wielkopolskiej, gdyż do granicy zbliżały się wojska szwedzkie. Miasto, z uwagi na swe naturalne warunki, miało być generalnym punktem obrony. Niestety, w wyniku haniebnej zdrady wojewody poznańskiego K. Opalińskiego i wojewody kaliskiego K. Grudzińskiego, 15-tysięczna armia nie podjęła walki, oddając najeźdźcom Wielkopolskę. Wkrótce cały kraj zalany został przez wojska szwedzkie. Ujską klęskę opisał Henryk Sienkiewicz w „Potopie".

W 1662 r. król Jan Kazimierz nadał miastu przywilej powołujący do życia Bractwo Strzeleckie Tarczowe , nazwane później Bractwem Kurkowym. Nie było to jednak pierwsze stowarzyszenie w Ujściu, bowiem już w 1596 r. powstał tu Cech Piwowarów. W tym czasie Ujście słynęło z produkcji znakomitego piwa. Oprócz przetaczających się przez Ujście wojen, nieszczęściem dla miasta były wielkie pożary. Zniszczyły one miasto wiatach: 1637 (spłonął wtedy kościół zbudowany w 1510 r.), 1755 (spłonął kościół z 1641 r.), 1782 (spłonął dokument potwierdzający prawa miejskie), 1813 i 1834 r.

W granicach starostwa ujskiego, jak podano w jednym ze źródeł, w marnej naówczas mieścinie Pile urodził się w 1755 r. Stanisław Staszic - duchowy przywódca posłów i senatorów Sejmu Wielkiego, który 3 maja 1791 r. uchwalił pierwszą w Europie konstytucję. Niestety to doniosłe wydarzenie nie zapobiegło kolejnym rozbiorom Polski. Ujście, już po pierwszym rozbiorze w 1772 r., wbrew postanowieniom traktatu rozbiorowego, zostało w 1773 r. włączone do zaboru pruskiego. Do miasta zaczęła napływać ludność niemiecka. Polacy dostali się pod silny wpływ kultury zaborcy. Wielu ujścian nie mogło pogodzić się z utratą niepodległości i germanizacją. Wielu zbrojnie walczyło o niepodległość, uczestnicząc w wielkopolskiej Wiośnie Ludów (1848 r.), w powstaniu styczniowym (1863 r.) i powstaniu wielkopolskim (1918 - 1919). Do najgorliwszych obrońców polskości należała rodzina Zochów i Konstanty Zeidler występujący m.in. przeciw nauczaniu dzieci polskich religii po niemiecku.

W granice odrodzonej Polski Ujście zostało włączone 19 stycznia 1920 r. Niestety, dotyczyło to tylko części miasta leżącej na południe od Noteci i Gwdy. Po odzyskaniu niepodległości jedną z pierwszych decyzji władz Ujścia było nazwanie głównej ulicy miasta imieniem Stanisława Staszica. Okres zaborów był jednak dla Ujścia również czasem ważnych inwestycji gospodarczych. W 1809 r. niemiecki przemysłowiec Bei Mansch założył hutę szkła, która do dzisiaj odgrywa ważną rolę w mieście. W latach 1891 - 1897 uregulowano (wyprostowano) bieg Noteci i zmeliorowano łąki. Około 1911 r. zbudowano linię kolejową: Piła - Czarnków. W latach 1934 - 1936 Niemcy wybudowali kanał i port rzeczny po swojej stronie Ujścia.

Na przełomie XIX i XX w. proboszczem ujskiej parafii został ks. Franciszek Renkawitz. Jego staraniem, w latach 1893 - 1908 wybudowano Kalwarię Ujską, a w latach 1905 - 1906 kościół parafialny, który do dzisiaj jest najokazalszą budowlą w mieście.

II wojna światowa i okupacja hitlerowska, obok ogromnych nieszczęść ludzkich, doprowadziła w Ujściu do zburzenia stacji drogi krzyżowej na Kalwarii. 27 stycznia 1945 r. zakończyła się okupacja, do miasta wkroczyły oddziały Armii Czerwonej.

W 1963 r. mieszkańcy uroczyście obchodzili 550 rocznicę nadania praw miejskich. Podobnie świętowano w 1988 r., kiedy obchodzono 575-lecie miasta, a od 1993 r. - corocznie - w czerwcu , na pamiątkę nadania praw miejskich, obchodzone są Dni Ujścia.

Od listopada 1996 r. Ujście należy do Kapituły Najstarszych Miast i Miejscowości w Polsce.